1、仪器的检测通量
在购买定量pcr仪的时候要根据实验实的需要来选择不同通量的仪器。目前市面上的荧光定量pcr的检测通量小到16个多到384个。如果进行一般的基因表达研究或病原体检测,实在不必购买昂贵的仪器,96孔的通量足够用;需要寻找要新药靶点和疾病标记的实验室可以考虑购买384孔板的仪器。假如经费有限无法购买384孔板仪器的实验室,可以考虑购买运行速度快(带有fast模块)的96孔板荧光定量pcr仪。
2、硬件设计特点
荧光定量pcr仪主要有传统的96孔板式、创新的离心式等,每种设计都有它的独到之处但也都有无法避免的缺憾。
传统的96孔板的荧光定量pcr可以容纳的样本量大,而且无需特殊的耗材。有些传统的96孔板的仪器采用卤钨灯激发、ccd检测,这些光学结构在96孔板的顶部,每个样品孔距光源和检测器的光程各不相同——边缘效应,对结果产生影响。为了保证精确、准确的实验结果,这类仪器在实验过程中通常会使用rox(一种荧光染料)或专用的reference dye作为参照校正实验结果。卤钨灯的使用寿命短、更换成本较高已经成为很多用户头痛的问题。在实验过程中卤钨灯作为一种热光源,产生较多热能对实验结果有一定的影响。ccd最大的优点就是可以同时扫描所有样品中的荧光信号,但是灵敏度较低,而且同时检测样品间的荧光信号存在干扰。像abi、bio-rad 公司生产的荧光定量pcr就属于这一种。但bio-rad的iq系列荧光定量pcr带有梯度功能。
创新的离心式的仪器通常选用led激发、pmt检测,离心式的设计上避免了边缘效应。led光源是冷光源对实验没有影响,因此无需采用其他荧光染料校正仪器,而且使用寿命长无需经常更换。pmt每次只能收集单个荧光信号,但是检测灵敏度高。但这类仪器运行速度非常快,但也存在样本量小、耗材昂贵、没有梯度功能、存在时间积分等缺点。corbett 的rotor-gene系列和roche 的lightcycler系列均为这一类仪器。
随着荧光定量pcr技术的使用,聪明的仪器生产商纷纷在传统的96孔板仪器上大作改进。首先是stratagene的mx3000p在检测上突破了使用ccd改用pmt检测荧光信号,大大提高了实验的灵敏度,但激发光源仍然沿用传统的卤钨灯并且没有梯度功能。eppendorf 公司推出的mastercycler ep realplex是一款带有梯度功能的荧光定量pcr仪,使用了96个led为激发光源,采用先进的cpm(第二代pmt)及96合一光纤为检测系统,不但避免了边缘效应还保证所有样品间的荧光信号没有干扰。
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