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降低土壤有效态cd和植物cd积累，土壤有效态cd含量变化取决于土壤cd不同形态的比例分配。土壤cd总量越高，有效态cd的比例越高，植物体内cd含量也就越高。一些芽孢杆菌不仅可以直接吸附土壤cd2+，还可以通过影响土壤理化性质来降低土壤有效态cd含量，从而降低土壤cd对植物的毒性。枯草芽孢杆菌是土壤中广泛分布的一种需氧型细菌，在防治作物病虫病害、修复重金属污染方面起到重要作用。纪宏伟等研究发现枯草芽孢杆菌可以使土壤有效态cd含量降低5.07%～42.63%，且培养时间越长，钝化效果越显著。范仲学等通过盆栽试验表明，施用2g/kg的枯草芽孢杆菌对缓解花生cd胁迫的效果好，可使籽粒中cd含量降低25.37%。jiang cx 等以枯草芽孢杆菌为出发菌株进行诱变，筛选出一株高抗cd的诱变菌b38，该菌和诺沃肥复合对cd污染（10mg/kg）的土壤进行修复后，胡萝卜地下部cd含量下降至0.15mg/kg，土壤中可提取态cd的含量降低了73.9%。
堆肥过程中微生物的种群随温度的变化发生如下的交替变化：低、中温菌群为主转变为中高温菌群为主，中高温菌群为主转化为中低温菌群。随着堆肥时间的延长，细菌逐渐减少，逐渐增多，霉菌和酵母菌在堆肥的末期显著减少。堆肥制作初期，堆肥中的微生物以中温、好气性的种类为主，最常见的是无芽孢细菌、芽孢细菌和霉菌。它们启动堆肥的发酵过程，在好气性条件下旺盛分解易分解有机物质(如简单糖类、淀粉、蛋白质等)，产生大量的热，不断提高堆肥温度，从20℃左右上升至40℃，称为发热阶段，或中温阶段。
堆肥实际就是废弃物稳定化的一种形式，但它需要特殊的湿度、通气条件和微生物以产生适宜的温度。一般认为这个温度要高于45℃，保持这种高温可以使病原菌失活，并害了杂草种子。在合理堆肥后残留的有机物分解率较低、相对稳定并易于被植物吸收。堆肥后臭味可以大大降低。堆肥过程有许多不同种类的微生物参与。由于原料和条件的变化，各种微生物的数量也在不断发生变化，所以堆肥过程中没有任何微生物始终占据主导地位。每一个环境都有其特定的微生物菌群，微生物的多样性使得堆肥在外部条件出现变化的情况下仍可避免系统崩溃。
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